O beneficiamento deve ser feito pouco tempo antes da comercialização do produto. São dois processos diferentes de preparo do beneficiamento:

Cereja descascado ou despolpado – O preparo por via úmida consiste no despolpamento: colhe, separa na água a cereja verde (não seca no terreiro), extrai a casca e a polpa, ficando apenas a semente. Nesse processo, mais utilizado no Brasil e na Colômbia, o grão é mais ácido. Quando o método é bem empregado, é o melhor meio de se obter um café isento de defeitos e de bom paladar.

Secagem natural ou tradicional – conhecido como via seca, a secagem natural se realiza em terreiros, pela ação do calor, do sol. Nesse processo, o açúcar da polpa migra para o grão.